2050年，日本被沙漠覆盖，分裂成四个独立的小国家。环境愈发恶劣，生活物资虽由政府管制，却也渐渐不足。一名士兵与一位被名为「花之少女」疾病所感染的少女邂逅了。某一天，他们被袭击了，在生死存亡之刻，少女的身体发生了变化……